发酵罐壁上的污垢是无机物和有机物的混合物，很难用单一清洗剂清洗。如果发酵罐的清洗只使用苛性钠，它只起到去除有机物的作用。只有当清洗温度达到80℃以上，才能有更好的清洗效果；清洗时使用单一硝酸进行清洗，对无机物质有一定的作用，对有机物几乎无效。因此，发酵罐清洗需要碱性清洗液和酸性清洗液。发酵罐先清洗干净后再杀菌消毒。罐体内脏物被彻底地清洗干净才算是有效杀菌。
　　CIP运行方式及其对清洗效果的影响现代化啤酒厂采用zui普遍的清洗方式是原位清洗(cleaninginplace，简称CIP)，即在密闭条件下，不拆动设备的零部件或管件，对设备及管路进行清洗及灭菌的方法。像发酵罐这样的大容器，不可能用充满清洗液的方式清洗。发酵罐的原位清洗是通过洗涤器循环进行的。洗涤器有固定洗球型和旋转喷射型两种型式，通过洗涤器把清洗液喷射到罐体内表面，然后清洗液沿罐壁向下流淌，一般情况下，清洗液会形成一层薄膜附着在罐壁上。这样机械作用的效果很小，清洗效果主要靠清洗剂的化学作用来实现。
　　固定洗球型洗涤器的作用半径为2 m，对于卧式发酵罐就必须安装多个洗涤器，洗液在洗涤器喷咀出口的压力应为0.2~0.3 MPa;对于立式发酵罐和压力测量点在洗涤泵出口的情况，不仅要考虑管路阻力造成的压力损耗，还要考虑高度对清洗压力的影响。压力太低时，洗涤器的作用半径小，流量不够，喷射的清洗液不能布满罐壁;而压力太高时，清洗液会形成雾状，不能形成沿罐壁向下流动的水膜，或者喷射的清洗液被罐壁反弹回来，降低了清洗效果。
　　在被清洗设备较脏和罐体直径较大(d>2 m)时，一般采用旋转喷射型洗涤器，通过增加洗涤器出口压力(0.3~0.7 MPa)，来加大洗涤半径，增强冲洗的机械作用，增加去垢效果。与球型洗涤器相比，旋转喷射型洗涤器可以采用较低的清洗液流量。由于冲洗介质通过时，洗涤器利用流体的反冲力进行旋转，冲洗和流空交替进行，从而提高了清洗效果。
　　清洗液流量的估算前已述及，发酵罐清洗时需要有一定的冲洗强度和流量。为了保证流体流层足够的厚度及形成连续的湍流，必须注意清洗泵的流量。
　　对于清洗圆形锥底罐，清洗液的流量有不同的估算方法。传统方法只考虑罐的周长，根据清洗的难易程度，在1.5~3.5 m3/m2•h范围内确定(一般小罐取下限，大罐取上限)。一个直径6.5 m的圆形锥底罐，周长约20 m，如采用3 m3/m•h时，清洗液的流量约为60 m3/h。新的估算方法的依据是，每百升冷却麦汁在发酵过程中析出的代谢产物(沉积物)的量是一定的。罐的直径增加时，单位罐容的内表面积降低，其结果是单位面积上的污物负荷量加大，必须相应提高清洗液的流量，建议以0.2 m3/m2•h为宜。一个容量为500 m3、直径为6.5 m的发酵罐内表面积约为350 m2，则清洗液的流量约为70 m3/h。